Od lat budzi kontrowersje. Sprzeciwia się mu wiele środowisk zarówno ze świata politycznego, jak i aktywistów czy po prostu, Polaków. Fundusz Kościelny działa od ponad 70 lat, a tylko w przyszłym roku pochłonie aż 257 mln zł z państwowego budżetu. Jak się okazuje, te pieniądze są wydawane nie tylko na ubezpieczenia dla księży.